Le CNPCV est composé de 16 membres, désignés à parité par chacune de ses composantes.
A titre consultatif, sont adjoints à ces 16 membres : un représentant du Conseil National de l’Ordre des Médecins, un représentant de la section / sous-section du Conseil National des Universités correspondant au DES de médecine cardiovasculaire et un représentant du Collège National des Enseignants en Cardiologie.
Le CNPCV est dirigé par un bureau composé de 8 membres dont le Président, le Vice-président, le Secrétaire général et le Trésorier.